Lucio Saffaro, nel 1998, presagendo la sua imminente scomparsa, depositò presso un notaio le proprie volontà da adempiersi dopo la morte indicando, quali esecutori testamentari, il Prof. Giovanni Maria Accame e il Prof. Avv. Federico Carpi, affinché provvedessero a costituire un archivio o una fondazione per non disperdere il rilevante complesso dei suoi lavori. L’artista non aveva eredi, l’indicazione di due amici, che rispondevano alle necessarie competenze per l’ambito artistico e per quello legislativo, era appunto rivolta alla migliore tutela del suo lavoro. A un anno dalla morte dell’artista, assolte tutte le prescrizioni di legge, il 16 dicembre 1999 viene emesso il decreto che riconosce l’istituzione della Fondazione Lucio Saffaro. Nel Consiglio di Amministrazione, oltre ai due curatori testamentari indicati dall’artista, figuravano un rappresentante dell’Università e un rappresentante del Comune di Bologna, oltre al direttore del Civico Museo Revoltella di Trieste, città natale di Saffaro. Attualmente il consiglio è composto dal prof. avv. Federico Carpi (Presidente) e dai seguenti consiglieri: prof. Roberto Balzani (consigliere, delegato del Rettore dell’Università degli studi di Bologna), prof. Lorenzo Balbi (consigliere, delegato del Sindaco del Comune di Bologna), prof. Claudio Cerritelli (consigliere, nominato dall’Accademia di Brera), dott. Mauro Felicori (consigliere, attualmente assessore alla cultura della Regione Emilia-Romagna), prof. Giovanna Pesci Enriques (consigliere). Il Prof. Fabio Roversi Monaco è Presidente onorario, mentre l'Avv. Astrid Merlini è segretario generale e la prof. Gisella Vismara la segretaria artistica. Dopo la scomparsa del Prof. Giovanni Maria Accame, Presidente della Fondazione dal 1999 al 2011, il Consiglio ne ha deliberato la nomina a Presidente onorario.
La Fondazione, oltre alla conservazione e catalogazione delle opere artistiche e letterarie, si prefigge una loro ulteriore valorizzazione culturale, con la promozione di mostre e pubblicazioni relative ai diversi lavori di Saffaro. Sono inoltre previste iniziative di carattere non solo monografico, ma che vedono la figura dell’artista inserita in più ampi contesti di ricerca. Come pure è possibile la realizzazione di progetti relativi a una linea dell’arte con connessioni agli interessi artistici e scientifici di Lucio Saffaro.
Nel 2000, a cura del Dipartimento di Matematica dell’Università degli Studi di Bologna, è stata allestita, all’interno della Biblioteca Universitaria, un’esposizione con opere di Escher e Saffaro. In seguito all’interesse dimostrato dal Dipartimento, la Fondazione Saffaro ha affidato a quell’istituto una cospicua serie di modelli in cartoncino, costruiti da Saffaro per lo studio dei poliedri.
Nel 2004, al Museo di Palazzo Poggi, sempre dell’Università di Bologna, si è tenuta una mostra antologica dell’artista corredata da un esauriente catalogo. Nello stesso anno è stata stipulata una convenzione, tra la Fondazione Saffaro e l’Università, che ha reso possibile il trasferimento (in comodato gratuito) di tutte le opere dell’artista presso il Museo di Palazzo Poggi dove sono conservate, ma non esposte al pubblico.
Inoltre, dal 2021, in seguito ad un accordo di comodato d'uso tra il Comune di San Giovanni in Persiceto (BO), l'Università di Bologna, e la Fondazione Saffaro, più di un centinaio di opere grafiche e pittoriche sono esposte, in modo permanente, presso il Museo del Cielo e della Terra della cittadina.
